Gestado en el verano de 1992 con la organización del I Torneo de Waterpolo y I Encuentro Popular de Natación en la piscina grande del Centro Deportivo de Foresta, que coincidió con la euforia deportiva nacional vivida por la celebración de los Juegos Olímpicos en Barcelona, fue fundado formalmente en la primavera de 1993 aunque no debutamos en competición oficial de natación y waterpolo hasta 1994. Actualmente somos un club con más 100 deportistas activos y con sede en la Piscina Cubierta del Centro Deportivo municipal Gabriel Parellada de Tres Cantos, que participa en las ligas territoriales madrileñas de natación para categorías benjamín – alevín – infantil y waterpolo benjamín – alevín – infantil mixto, cadete – juvenil masculino; así como 2ª temporada consecutiva con el equipo absoluto en la Liga Nacional de Waterpolo de 2ª División Masculina. Con un Palmarés Deportivo en el que podemos destacar:
En la disciplina de Natación a nivel territorial madrileño, David Díaz como Campeón infantil en la prueba de 100 metros mariposa en el año 1994, Marta Martínez como Campeona infantil en 50 mariposa en 1995; Fran Fernández como Campeón infantil en 50 Libre y al equipo compuesto por Fernando Lázaro, Fran Fernández, Nicolás Rodríguez y Miguel Ardid como Campeones infantiles en la prueba de 4 x 100 metros Estilos en el año 2000 y, recientemente, Alejandro Extremera como 3º de categoría alevín en 100 metros libre en 2010, Carlos Fernández Carnal como 3º de categoría alevín en 200 braza y Antonio Santamaría como Campeón pre-benjamín en 25 metros mariposa y subcampeón en 50 Libre en 2011.
En Waterpolo a nivel territorial madrileño como Campeones de Liga y Campeones del V Memorial José Luis Fons de waterpolo internacional para jugadores de 13 y 14 años de edad en el año 2001 y, a nivel nacional en finales del Campeonato de España de Waterpolo, como novenos clasificados de Categoría Infantil Masculina en 2008; séptimos clasificados de Categoría Cadete Masculina en el año 1999, quintos en el 2000, terceros en 2001 y séptimos en 2008; quintos clasificados de Categoría Juvenil Masculina en el año 2002 y séptimos en 2011; séptimos clasificados de Categoría Junior Masculina en el año 2002; quintos clasificados de Categoría Absoluta Masculina en los años 2007 y 2008, terceros en 2009 y Subcampeones de 3ª División en 2010, clasificación que supuso el ascenso a la Liga Nacional de 2ª División, concluida como novenos clasificados la pasada temporada 2010 – 2011.
Considerados como escuela de referencia en el waterpolo de base para formación de jugadores y jugadoras que aportamos habitualmente a la Selección Madrileña desde 1998, con mención destacada de Pedro Fernández y Alvaro Hernández como Campeones de España de Waterpolo Infantil con el equipo de Madrid en el año 2008; con aportación también de deportistas a otros clubes madrileños y españoles e incluso de jugadores del Club Natación Tres Cantos que fueron convocados al equipo nacional, como Fran Fernández en el año 2002, o jugadoras con origen en el Club Natación Tres Cantos que también fueron convocadas al equipo nacional militando en otros clubes como Marta Martínez, Rebeca Sanz o Maria Pilar Gancedo.
Por último y en estrecha colaboración con el Ayuntamiento de Tres Cantos, organizadores desde 1992 de los tradicionales Torneo de Waterpolo Alevín y Encuentro Popular de Natación que se convocan durante el mes de junio con motivo de la celebración de nuestras Fiestas Mayores y de las Fases Finales del Campeonato de España de Waterpolo Masculino para jugadores de 13 - 14 años de edad en el año 2000, Campeonato de España de Waterpolo Cadete Femenino por Federaciones Autonómicas en el 2002 y Campeonato de España de Waterpolo Juvenil Masculino en 2011.
El Club Natación Tres Cantos está inscrito en el Censo de Entidades Jurídicas del Ministerio de Hacienda y en el Registro de Asociaciones Deportivas de la Comunidad de Madrid. Asimismo está adscrito a la Federación Madrileña de Natación.
Los Órganos de Gobierno del Club Natación Tres Cantos son dos: la Junta Directiva, que actúa como órgano colegiado y la Asamblea de Socios, que se reúne anualmente de forma ordinaria y ratifica la gestión de la Junta Directiva.